กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้รับอนุมัติให้จัดตั้งสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ ในส่วนภูมิภาคตามข้อตกลงของโครงการสินเชื่อเพื่อการเกษตร ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ.2524–2526 รวม 50 จังหวัด สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์อ่างทอง ได้จัดตั้งขึ้นตามโครงการดังกล่าว เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม 2527 โดยเช่าตึกแถวเป็นอาคารสำนักงาน ต่อมาปีงบประมาณ พ.ศ.2529 สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์อ่างทอง ได้รับจัดสรรงบประมาณในการก่อสร้างสำนักงาน จำนวน 1 หลัง โดยใช้งบประมาณก่อสร้างทั้งสิ้น จำนวน 320,400.00 บาท เป็นอาคารชั้นเดียวในที่ดินราชพัสดุ ภายในบริเวณสำนักงานสหกรณ์จังหวัดอ่างทอง ต่อมาปีงบประมาณ พ.ศ. 2549 จ.อ่างทอง เกิดอุทกภัยทำให้ ในปีงบประมาณ พ.ศ.2551 ได้รับงบประมาณต่อเติมอาคาร สำนักงานเป็น 3 ชั้น ชั้นล่างโล่ง งบประมาณการก่อสร้างทั้งสิ้น จำนวน 3,026,000.00 บาท ซึ่งสำนักงานตั้งอยู่เลขที่ 50/1 ถนนอ่างทอง – สิงห์บุรี ตำบลย่านซื่อ อำเภอเมือง จังหวัดอ่างทอง